大棚室內土壤表層變紅色，主要是大棚蔬菜施肥過多，肥料殘留物聚積，造成土壤鹽漬化，使硫化物，硫酸鹽，有機鹽，無機鹽殘留于耕層土壤內，造成大棚土壤板結，鹽漬化。因而，土壤表層就會出現一層紫紅色物質。
產生的原因：當大棚室內，施肥量大大超過蔬菜的吸收量，有些不能被植物利用吸收的就成為副產品殘留并積聚于土壤內。由于棚內溫度較高，蒸發量大，水分蒸發時又把鹽分，留在了棚內土壤表面。再加上大棚通常處于密閉狀態，鹽分得不到雨水的沖刷和淋洗，因而不斷殘留在土壤耕層內，造成蔬菜大棚土壤鹽漬，在土壤干旱時，土表還會生成一層白色物質，這就是大棚土壤發生了鹽漬化的根本原因。
造成的危害：鹽漬化可致使蔬菜因吸水困難造成生理干旱，代謝紊亂，表現為種子播種后出苗緩慢，出苗率低，就是出苗了也會逐漸死亡；植株矮小生長停滯，根系生長受抑制，根尖及新根呈褐色，嚴重時整個根系發黑腐爛，失去活力，葉片卷曲、缺綠，葉尖枯黃卷縮，受害嚴重時莖葉枯死。
改善措施：
(1)進行糧菜輪作，有條件的地方可進行大棚蔬菜與水稻的輪作；夏季尤其是梅雨季節撤去大棚頂膜，讓天然雨水進行沖淋洗鹽。
(2)進行平衡配方施肥，避免過量施肥；增施有機肥，雞糞豬糞，秸桿還田，少施化肥；盡量少施鹽量高的有機肥和含氯的化肥。
(3)鏟除大棚土壤表層2～3厘米的土壤，換上肥沃的田土，改土除鹽；改善土壤結構，活化土壤，這樣既有利于大棚蔬菜側根的伸展，增強蔬菜根系吸收養分和水分的能力，
又可提高大棚土壤的有機質含量。
土壤消毒是殺滅土壤病原菌和地下害蟲常用的方法，可較好地防治土傳病害和地下害蟲。
土壤消毒主要有以下幾種方法：
（1）高溫悶棚法
利用太陽的能量烤棚是一種很好的土壤消毒方法。夏季高溫季節，設施栽培換茬之際，將溫室大棚密閉，在土壤表面撒上碎稻草（每667平方米用量700～1000千克）和生石灰（每667平方米用量500千克），深翻土壤30厘米，使稻草、石灰、土壤均勻混合，然后起大壟灌大水。并保持水層，蓋嚴棚膜，密閉大棚15～20天。石灰遇水放熱，促使稻草腐爛也放熱，再加上夏季天氣炎熱和大棚保溫。白天棚內地溫可達55～60℃，25厘米深土層全天溫度都在50℃左右，半月左右即可起到消毒土壤和除鹽的作用。單獨利用灌水悶棚或者生石灰悶棚也可以，但效果比這種方法差一些。
（2）土壤施用生物菌有機肥法
每667平方米細致噴灑生物菌（保得土壤生物菌接種劑、或奇多念、或生物多效奇、或酵素菌等）500～1000克（注意！噴灑之后1周內不能噴灑殺菌劑），或土壤施用生物菌發酵的有機肥。通過以上方法施入土壤中的大量有益菌類，可抑制和殺滅土壤中的各種有害微生物，預防土傳病害發生。
（3）福爾馬林消毒法
土壤耕翻后，每平方米土地用50毫升福爾馬林，兌水10～12千克，或每平方米噴灑100倍的福爾馬林液0.15千克，然后用塑料薄膜蓋嚴。7～10天后揭膜，并翻土1～2次，使藥液揮發，3～5天即可栽培作物。
（4）藥土消毒法
每平方米用50%多菌靈可濕性粉劑2克，或50%甲基托布津可濕性粉劑8克、或40%五氯硝基苯8克，兌水2～3千克，摻細土5～6千克，播種時做下墊土和上蓋土，可有效防治多種真菌性病害。
（5）噴淋或澆灌法
將96%惡霉靈3000倍藥液用噴霧器噴淋于土壤表層，或直接灌溉到土壤中，使藥液滲入土壤深層，殺死土中病菌，防治苗期病害，效果顯著。
（6）蒸汽熱消毒
用蒸汽鍋爐加熱，通過導管把蒸汽熱能送到土壤中，使土壤溫度升高，殺死病原菌，以達到防治土傳病害的目的。這種消毒方法要求設備比較復雜，只適合經濟價值較高的作物，并在苗床上小面積施用。
此外，對于小面積的地塊或苗床，也可以將配制好的培養土放在清潔的混凝土地面上、木板上或鐵皮上，薄薄平攤，暴曬10～15天，既可殺死大量病原菌和地下害蟲，也有很好的消毒效果。