根據級別、管轄以及各地的情況等不同，內設機構也會有所不同。
一般有： 辦公室、人事處、 綜合處、規劃財務處（審計處）、 水環境管理處、 大氣環境管理處、土壤環境管理處、 自然生態保護處、 行政審批處、 科技標準監測處、 宣教處、 法制處（執法監督處）、研究室、 紀檢監察室、 機關黨委（局工會） 、檔案處等。
不同的縣，不同的環保局，其機構設置不盡相同，但大體上是差不多的。以陜西三原縣為例，講解如下：
1、行政辦公室：
負責局機關政務、財務、人事工作；組織協調機關日常工作；組織貫徹執行局機關各項規章制度；負責工會、婦聯等工作；負責協調縣創建工作；負責局系統離退休人員的管理工作；完成領導交辦的其它工作。（對應承辦市局秘書科、人事科、創模辦、規財科工作）
2、法規宣教監察室：
貫徹執行國家環境保護法律、法規和執法檢查工作；承辦環境保護行政處罰和行政復議應訴工作；負責環境執法人員的法律、法規培訓工作。負責環境保護宣傳教育、黨務、團務、機關網站、“創選評”及精神文明建設、黨風廉政建設和紀律作風建設工作；參與監督檢查黨紀、政紀的執行情況；組織落實糾風和行風評議工作；完成領導交辦的其它工作。（對應承辦市局法宣科、宣教中心、監察室工作）
3、綜合計劃股：
負責環保規劃、計劃、農村連片整治、生態創建、秸桿禁燒、食品安全工作；組織實施目標責任制考核工作；發布全縣環境質量公報；完成領導交辦的其它工作。（對應市局生態科、考核督查科、監測科、規財科工作）
4、環境管理股 ：
負責環境管理、污染防治、治污降霾、應急、水源地管理、信訪、安全生產、固廢工作。完成領導交辦的其它工作。（對應承辦市局污防科、固廢中心、應急中心工作）
5、污染物排放總量控制股：
負責污染減排、環境統計、輻射、環保產業工作；組織實施排污許可證管理制度。完成領導交辦的其它工作。（對應承辦市局總量科、輻射科、環保公司工作）
6、環境影響評價股：
負責轄區新、改、擴建設項目環境影響評價文件的審批；做好建設項目環境保護竣工驗收工作；參與指導和推動全縣循環經濟工作；負責招商引資工作；完成領導交辦的其它工作。（對應承辦市局環評科、總工辦、招商辦工作）
7、環境監察大隊：
貫徹國家和地方環境保護的有關法律、法規、政策和規章；依據主管環境保護部門的委托依法對轄區內單位和個人執行環境保護法規的情況進行現場監督、檢查，并按規定進行處理；負責污水、廢氣、固體廢棄物、噪聲、放射性物質等超標排污費和排污水費的征收工作；負責排污費征收軟件管理系統的維護及應用，排污費臺長的建立及票據的管理工作；負責環境后督察制度的落實；負責環境安全風險的排查；負責對生態破壞事件的調查，并參與處理；參與環境污染事故、糾紛投訴舉報調查處理工作；參與污染治理項目年度計劃的編制，負責該計劃執行情況的監督檢查工作；承擔主管或上級環保部門委托的其它工作任務。
8、環境監測站：
對轄區內空氣、水體、噪聲等各種環境要素的質量狀況按國家統一規定和要求進行歸納整理編制區域內環境質量報告書，向環保主管部門和上級監測站呈報本縣區環境質量狀況；對轄區內各有關單位排放污染物的狀況進行定期和不定期的監視性監測；承擔轄區內建設、污染治理項目、環境保護設施竣工驗收監測工作；對轄區內各企業、事業等排污單位進行環保咨詢和服務性監測，并提供必要的監測數據；負責轄區內環境統計、污染源普查數據采集、匯總等工作；組織編制并發布環境統計年報和統計報告；負責轄區內突發環境事件的應急監測工作；承擔主管或上級環保部門委托的其它工作。
一般包括:環境監測站,監察大隊,監督科,規劃科,人秘科,環境科學研究所等.一、環境監察大隊主要職責。 1、依法對轄區內單位和個人執行環境保護法規的情況進行現場監督、檢查；對環保違法行為的立案、調查并按規定提出處理意見，經監督股或局同意后執行，實施行政處罰的應報局批準后執行。 2、負責對建設項目包括未批已建項目的監理、監察工作，參與建設項目的驗收并對排污單位（包括企事業及個體經營者）的監理，對未納入管理的排污單位進行造冊登記并責成其補辦排污許可登記和繳費。 3、負責對環境治理設施、建設項目監理，負責環保設施及運營資歷質認可的審查和使用過程中的查驗與監督。 4、負責污水、廢氣、固體廢棄物、噪聲、放射性物質等超標排污費和排污水費的征收工作。 5、負責審查、批準擁有污染防治設施單位申請設施閑置或拆除的報告。 6、組織實施及責成排污企業的委托監測，并按局決定委托監測站對違規排污企業實施強制監測。 7、負責對污染單位排污口的規范化整治工作，并做好監督執行。 8、依法加強對各種污染源、污染單位的監督管理，負責對超標排污的申報、登記和審查上報核準工作。 9、在監督、檢查、處理和收費中依據有關法律法規提出實施行政處罰意見，報局監督股或局批準后執行。 10、負責限期治理計劃的擬定以及限期治理項目的調度檢查和驗收。 11、協助人秘股對環保補助專項資金使用的監督。 二、環境監測站。 1、制定監測計劃，進行經常性地監測，按要求向上級報送及公開監測數據、環境質量情況。 2、對全區排放污染物的單位進行定期或不定期監測，建立污染源檔案及編碼信息系統；監督檢查各單位各類環境法規和標準的情況，為排污收費及治理工程驗收等環境管理提供監測數據。 3、參加污染事件的調查，為調解、仲裁環境糾紛提供監測數據。 4、負責本區環境質量評價。 5、為企業、個人及其他環境管理提供服務。三、環境科學研究所。 1、負責接受建設單位委托，編制建設項目環境影響報告表，研究其建設可行性，提出環境對策及建議。 2、研究跨界環境影響。 3、評估污染事故的環境影響，為監理、監督部門提供依據。 4、承擔本區環境研究課題，為區政府和局環保決策提供依據。 5、提供環境咨詢。 四、環境信息中心 1、負責編制環境管理工作計劃，制訂宣傳教育方案組織、協調、指導和管理全區環境管理信息及宣傳工作； 2、為政府和其它各部門提供環境信息和數據，向公眾提供環境信息服務； 3、負責組織和指導全區環保宣傳資料編輯、報道，組織開展各類環保教育、培訓工作及創建工作。