醫院各部門的功能、設施和人員組成情況不同，產生污水的主要部門和設施有：診療室、化驗室、病房、洗衣房、X光照像洗印、動物房、同位素治療診斷、手術室等排水；醫院行政管理和醫務人員排放的生活污水，食堂、單身宿舍、家屬宿舍排水。不同部門科室產生的污水成分和水量各不相同，如重金屬廢水、含油廢水、洗印廢水、放射性廢水等。而且不同性質醫院產生的污水也有很大不同。醫院污水較一般生活污水排放情況復雜。
醫院污水來源及成分復雜，含有病原性微生物、有毒、有害的物理化學污染物和放射性污染等，具有空間污染、急性傳染和潛伏性傳染等特征，不經有效處理會成為一條疫病擴散的重要途徑和嚴重污染環境。
1.全過程控制原則。對醫院污水產生、處理、排放的全過程進行控制。
2.減量化原則。嚴格醫院內部衛生安全管理體系，在污水和污物發生源處進行嚴格控制和分離，醫院內生活污水與病區污水分別收集，即源頭控制、清污分流。
嚴禁將醫院的污水和污物隨意棄置排入下水道。
3.就地處理原則。為防止醫院污水輸送過程中的污染與危害，在醫院必須就地處理。
4.分類指導原則。根據醫院性質、規模、污水排放去向和地區差異對醫院污水處理進行分類指導。
5.達標與風險控制相結合原則。全面考慮綜合性醫院和傳染病醫院污水達標排放的基本要求，同時加強風險控制意識，從工藝技術、工程建設和監督管理等方面提高應對突發性事件的能力。
6.生態安全原則。有效去除污水中有毒有害物質，減少處理過程中消毒副產物產生和控制出水中過高余氯，保護生態環境安全。
醫院污水處理之曝氣生物濾池法
醫院污水主要來自診療室，病房，化驗室，手術室，洗衣房，行政管理部門以及食堂，宿舍等排放的污水，主要污染物為有機污染物，病原微生物及病毒。該醫院污水現在只經格柵除渣及消毒后處理既排放，采用二氧化氯消毒劑，余氯和細菌學指標能達標，但有機物未被去除。為了全面達標，該醫院增加了曝氣生物濾池污水處理工藝處理污水?？紤]到該醫院污水處理廠占地有限以及水中含有一定量消毒劑的特點，決定采取負荷高，占地少，對進水有機物濃度范圍適應性錢的曝氣生物濾池工藝。
曝氣生物濾池具有以下特點：
（1）有機負荷高，占地少
（2）生物量大，活性高，抗沖擊能力強
（3）具有生物降解反應與過濾雙重功能，不需二沉池
（4）由于濾料的切割作用，氧利用率高
（5）運行穩定可靠，管理方便
醫院污水處理之氯化法
（1）次氯酸鈉法。次氯酸鈉是普通的化學試劑，起運輸，儲存和購買都比較方便。次氯酸鈉溶于水生產次氯酸根離子，可用于消毒殺菌，但它不穩定，光照，受潮易于分解，消毒能力很弱。
（2）CL2法。CL2在水中能迅速產生次氯酸根離子。該方法目前已廣泛應用于醫院的污水消毒。CL2中有效氯含量比次氯酸鈉溶液高5-10倍，消毒能力強且價格便宜。由于CL2是一種強刺激性有毒氣體，因此要用專用的存儲設備進行存儲。
（3）二氧化氯法。二氧化氯是一種強氧化劑，它可以殺滅細菌，繁殖體，真菌和病毒等。有關研究表明，二氧化氯溶于水后，有50%-7o%轉變為次氯酸根離子和亞氯酸根離子，對紅細胞有損害，會干擾人體對碘的吸收，還可以使血液膽固醇升高。因此，目前一般用前兩種方法處理醫院污水。
醫院污水的水質特點是含有大量的病原體──病菌、病毒和寄生蟲卵。如結核病醫院污水，每升可檢出結核桿菌幾十萬至幾百萬個。醫院污水還含有消毒劑、藥劑、試劑等多種化學物質。利用放射性同位素醫療手段的醫院的污水還含有放射性物質。醫院污水的水量與醫院的性質、規模及所在地區的氣候等因素有關，按每張病床計一般為每天200～1000升。
醫院污水處理主要是消毒，即殺滅病原體。常用的方法是氯化消毒或用臭氧消毒（見水的消毒、廢水氧化法
醫院排出的放射性廢水常用貯存衰減法處理。醫院常用的放射性同位素如131碘,32磷,198金，24鈉等是半衰期較短的同位素，因此可以將放射性污水貯存于地下專用衰變水池內,貯存時間為10倍于半衰期,把放射性濃度降到容許排放的程度。如果放射性污水的濃度很低，水量很小，也可用稀釋法處理。中國的《放射性防護規定》要求每一微居里放射性同位素達到容許排放濃度需稀釋水量1.67米3。當放射性污水濃度很高,放射性的半衰期很長，不宜用貯存法和稀釋法處理時，可用蒸發法、離子交換法或凝聚沉淀法進行分離濃縮處理（見放射性廢水處理）。
醫院污水處理過程中排出的污泥按每張病床計，每天平均為0.7～1升，含水95%，含有污水中病原體總量的70～80%，必須進行消毒處理。消毒方法有加熱消毒、化學藥劑消毒、γ射線消毒等。加熱消毒的熱源通常為蒸汽、電能或生物能（高溫堆肥），有的地區可以用太陽能?；蛘哂梅贌ㄌ幚恚??；瘜W藥劑消毒可用石灰、氨水、CL2或苛性鈉等。用CL2時,有效氯用量約為污泥量的2.5%。用堿性藥劑時，污泥的pH值達到12后，保持半小時以上，效果最好。γ射線消毒可用60鈷或一些裂變產物的混合物作輻射源，輻射劑量為20～30萬倫琴。用此法對污泥消毒不產生臭氣，并可改善污泥的脫水和沉降性，但費用較高。
醫院污水處理不達標一直是危害環境的重要因素。經過有關部門長期調查研究顯現醫院污水處理不徹底主要有下列因素。
1、分類廢水所使用藥劑為了減低成本都是有很強針對性。從而造成各分類廢水處理良好，綜合水還是處理不達標。
2.為水質清澈和降低成本使用大量石灰。但是卻產生大量污泥，往往廢水處理成本中30%---40%是處理污泥所產生。
3.來水PH值變化大，反應池PH控制不穩定。PH不穩定造成沉淀池渾濁。出水水質也跟著不穩定，時好時壞。
4.水處理人員責任心不強，操作不夠細心，不注重細節。比如：來水有問題，不及時停機進行應急處理。各種儀表、探頭不經常校正清洗。配制藥品濃度不按工藝要求配制，為了省事，私自把濃度提高。
5.表面處理行業的產品進行表面處理前，必須先經過大量的前處理，這其中使用的除油粉里含有乳化劑，而大量的乳化劑不但影響COD的含量，而且影響沉淀池的礬花絮凝，成泥不理想，致使沉淀不好，大量懸浮物跟隨上層清水流出沉淀池，在PH回調的時候重新溶解進水里，結果造成排放口重金屬離子超標。