污物驅動的應用在于能夠顯著的移除廢棄的底物。目前，使用傳統的好氧處理時，氧化每千克碳水化合物就需要消耗1 kWh的能量。例如，生活污水的處理每立方米需要消耗0.5 kWh的能量，折算后在這一項上每人每年需要消耗的能源約為30 kWh。為了解決這一問題，需要開發一些技術，特別是針對高強度的廢水。在這一領域中常用的是Upflow Anaerobic Sludge Blanket反應器，它產生沼氣，特別是在處理濃縮的工業廢水時。UASB反應器通常以每立方米反應器每天10~20 kg化學需氧量的負荷速率處理高度可降解性的廢水，并且具有（帶有一個燃燒引擎作為轉換器）35%的總電力效率，意味著反應器功率輸出為0.5~1 kW/m3。它的效率主要決定于燃燒沼氣時損失的能量。未來如果發展了比現有的能更有效的氧化沼氣的化學染料電池的話，很可能能夠獲得更高的效率。
能夠轉化具有積極市場價值的某種定性底物的電池，譬如葡萄糖，將以具有高能量效率作為首要目標。雖然MFCs的功率密度與諸如甲醇驅動的FCs相比是相當低的，但是對于這項技術而言，以底物安全性為代表的多功能性是它的一個重要優勢。
全面的看，作為一種參考，以高速率的厭氧消化手段從生物量中重獲能量的資本支出約為安裝每百萬瓦生產量花費100萬瓦。后一數值也同樣適用于通過傳統的燃燒途徑、風力渦輪機以及化學染料電池等方法利用化石燃料產能。因此這一手段也處于競爭之地。何況目前，微生物燃料電池尚未達到這一水準的功率輸出。負荷速率為每天每立方米反應器0.1~10 kg的化學需氧量時，可以認為實際上能達到的功率輸出在0.01~1.25 kW/m3之間。然而，對于好氧的處理過程，觀察到的生長速率為消耗每克有機底物產生0.4克生物量生成，而對于厭氧發酵產生沼氣的過程這一速率理論上僅為0.077?；贛FC過程的本質，其產量應該介于這兩種代謝類型之間。觀察到的以葡萄糖飼喂的MFCs的生長速率在0.07~0.22之間。由于廢水處理設備中淤泥處理的花費多達每噸干物質500，這一數量的減少對于該過程的經濟平衡具有重要的提示意義。
有效的設計和操作能夠創造一種技術平臺，能夠在多種領域運用而不需要進行本質上的修改。除了經濟方面，MFCs已經展現了支柱性的核心技術的姿態。它們在低的和適中的溫度下能有效的產生能量并轉化一系列的電子供體，甚至即使電子供體僅以低濃度存在。在這些方面現在還沒有能夠與之相媲美的其他已知技術。
使用微生物燃料電池產生的功率大小依賴于生物和電化學這兩方面的過程。 在平均陽極表面的功率和平均MFC反應器容積單位的功率之間，存在著明顯的差異。表2提供了目前為止報道過的與MFCs相關的最重要的的結果。大部分的研究結果都以電極表面的mA/m以及mW/m2兩種形式表示功率輸出的值，是根據傳統的催化燃料電池的描述格式衍生而來的。其中后一種格式對于描述化學燃料電池而言可能已經是充分的，但是MFCs與化學燃料電池具有本質上的差異，因為它所使用的催化劑（細菌）具有特殊的條件要求，并且占據了反應器中特定的體積，因此減少了其中的自由空間和孔隙的大小。每一個研究都參照了以下參數的特定的組合：包括反應器容積、質子交換膜、電解液、有機負荷速率以及陽極表面。但僅從這一點出發要對這些數據作出橫向比較很困難。從技術的角度來看，以陽極倉內容積（液體）所產生的瓦特/立方米（Watts/m3）為單位的形式，作為反應器的性能比較的一個基準還是有幫助的。這一單位使我們能夠橫向比較所有測試過的反應器，而且不僅僅局限于已有的研究，還可以拓展到其它已知的生物轉化技術。
此外，在反應器的庫侖效率和能量效率之間也存在著顯著的差異。庫侖效率是基于底物實際傳遞的電子的總量與理論上底物應該傳遞的電子的總量之間的比值來計算。能量效率也是電子傳遞的能量的提示，并結合考慮了電壓和電流。如表2中所見，MFC中的電流和功率之間的關系并非總是明確的。需要強調的是在特定電勢的條件下電子的傳遞速率，以及操作參數，譬如電阻的調整。如果綜合考慮這些參數的問題的話，必須要確定是最大庫侖效率（如對于廢水處理）還是最大能量效率（如對于小型電池）才是最終目標。目前觀測到的電極表面功率輸出從mW/m2~w/m2都有分布。
美國賓夕法尼亞州立大學環境工程系教授Bruce Logan的研究組正在嘗試開發微生物燃料電池，可以把未經處理的污水轉變成干凈的水，同時發電。無論對發展中國家還是發達國家，這項“一舉兩得”的技術都相當誘人。更誘人的是，據美國國家自然科學基金會（NSF）網站消息，該項技術未來還可能實現海水淡化，成為“一舉三得”的技術。
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