主要職責
（一）承擔涉及綜合運輸體系的規劃協調工作，會同有關部門組織編制綜合運輸體系規劃，指導交通運輸樞紐規劃和管理。
（二）組織擬訂并監督實施公路、水路、民航等行業規劃、政策和標準。組織起草法律法規草案，制定部門規章。參與擬訂物流業發展戰略和規劃，擬訂有關政策和標準并監督實施。指導公路、水路行業有關體制改革工作。
（三）承擔道路、水路運輸市場監管責任。組織制定道路、水路運輸有關政策、準入制度、技術標準和運營規范并監督實施。指導城鄉客運及有關設施規劃和管理工作，指導出租汽車行業管理工作。負責汽車出入境運輸、國際和國境河流運輸及航道有關管理工作。
（四）承擔水上交通安全監管責任。負責水上交通管制、船舶及相關水上設施檢驗、登記和防止污染、水上消防、航海保障、救助打撈、通信導航、船舶與港口設施保安及危險品運輸監督管理等工作。負責船員管理有關工作。負責中央管理水域水上交通安全事故、船舶及相關水上設施污染事故的應急處置，依法組織或參與事故調查處理工作，指導地方水上交通安全監管工作。
（五）負責提出公路、水路固定資產投資規模和方向、國家財政性資金安排意見，按國務院規定權限審批、核準國家規劃內和年度計劃規模內固定資產投資項目。擬訂公路、水路有關規費政策并監督實施，提出有關財政、土地、價格等政策建議。
（六）承擔公路、水路建設市場監管責任。擬訂公路、水路工程建設相關政策、制度和技術標準并監督實施。組織協調公路、水路有關重點工程建設和工程質量、安全生產監督管理工作, 指導交通運輸基礎設施管理和維護，承擔有關重要設施的管理和維護。按規定負責港口規劃和岸線使用管理工作。
（七）指導公路、水路行業安全生產和應急管理工作。按規定組織協調國家重點物資和緊急客貨運輸，負責國家高速公路及重點干線路網運行監測和協調，承擔國防動員有關工作。
（八）指導交通運輸信息化建設，監測分析運行情況，開展相關統計工作，發布有關信息。指導公路、水路行業環境保護和節能減排工作。
（九）負責公路、水路國際合作與外事工作, 開展與港澳臺地區的交流與合作。
（十）指導航運、海事、港口公安工作，管理交通直屬公安隊伍。
（十一）承辦國務院交辦的其他事項。
2013年11月25日
（一）負責推進綜合交通運輸體系建設，統籌規劃鐵路、公路、水路、民航以及郵政行業發展，建立與綜合交通運輸體系相適應的制度體制機制，優化交通運輸主要通道和重要樞紐節點布局，促進各種交通運輸方式融合。
（二）負責組織擬訂綜合交通運輸發展戰略和政策，組織編制綜合交通運輸體系規劃，擬訂鐵路、公路、水路發展戰略、政策和規劃，指導綜合交通運輸樞紐規劃和管理。
（三）負責組織起草綜合交通運輸法律法規草案，統籌鐵路、公路、水路、民航、郵政相關法律法規草案的起草工作。
（四）負責擬訂綜合交通運輸標準，協調銜接各種交通運輸方式標準。
（五）牽頭組織編制國家重大海上溢油應急處置預案并組織實施，承擔組織、協調、指揮重大海上溢油應急處置等有關工作。負責船員管理和防抗海盜有關工作。
（六）負責國家公路網運行監測和應急處置協調工作，承擔綜合交通運輸統計工作，監測分析交通運輸運行情況，發布有關信息。
（七）擬訂經營性機動車營運安全標準，指導營運車輛綜合性能檢測管理，參與機動車報廢政策、標準制定工作。
（八）承擔公路、水路國家重點基本建設項目的績效監督和管理工作。統籌協調交通運輸國際合作與交流有關事項。
（九）管理國家鐵路局、中國民用航空局、國家郵政局，并按有關規定管理國家鐵路局、中國民用航空局、國家郵政局機關黨的工作。