華潤三九主要從事醫藥產品的研發、生產、銷售及相關健康服務。
隨著華潤集團對醫藥行業（戰略業務單元：華潤醫藥集團有限公司）的梳理與并購，華潤三九不斷有新的品種加入。2013年上半年來看，現有產品較豐富，OTC業務覆蓋了感冒用藥、皮膚用藥、胃腸用藥等近10個子領域。處方藥品種覆蓋了抗腫瘤及心血管等治療領域。公司擁有年銷售額過億元的品種13個，其中，999感冒靈系列銷量連續五年位居感冒藥市場第一；三九胃泰和999皮炎平也分別位居OTC胃藥和皮膚藥的前列；止咳化痰品類中999強力枇杷露在2012年度非處方藥產品排名情況統計的中成藥類別的感冒咳嗽類中居第5位。
“999”品牌是中國馳名商標。是中國人心目中的知名品牌，其產品市場占有率也較高。
2012年，華潤三九實現營業收入68.91億元，實現歸屬于母公司所有者的凈利潤（歸屬于上市公司股東的凈利潤）10.14億元，經營活動產生的現金流量凈額12.12億元。截至2012年底，公司總資產為86億元。
與之對應的是：
當前，華潤三九總市值為180億元，穩定保持在醫藥行業上市公司前列。上市公司及所屬多家生產制造單元為國家高新技術企業。華潤三九先后獲評“2008年度中國上市公司百強金牛獎” 、“2008年度中國上市公司價值百強” 、2009年中國制藥工業百強” 、“2010年度中國最具競爭力醫藥上市公司20強”等榮譽。2011年，在中國中藥協會發布首批中藥行業信用評價結果，華潤三九獲評AAA級中藥企業信用榮譽，榮列排行榜榜首。
經過20多年不懈努力，尤其是2007年并入華潤集團以來，華潤三九逐步發展成為國內大型醫藥類上市公司。
2012年，由世界第二大傳播服務集團WPP發布的《2012中國最具價值品牌TOP50強榜單》中，“999”品牌再度入選其中。此次共有“999” 、云南白藥、同仁堂3個醫藥品牌入選。
位于深圳市寶安區觀瀾高新技術產業園區內的“華潤三九醫藥工業園”，于2008年5月8日正式建成投產，一期工程占地11萬平方米，建有顆粒劑、乳膏劑、丸劑等多個生產車間和全自動化高架立體倉庫。2012年，二期工程全部建成，華潤三九總部及研發事業部、銷售公司等多個部門由原北環大道北側，搬至觀瀾基地（工業園區內）。
華潤三九完善董事會構成，董事會核心作用逐步強化。公司董事會成員中已設立獨立董事、外部董事。
董事會設立了審計委員會和薪酬與考核委員會，并正在設立“戰略與投資委員會”。專業委員會在員工中長期激勵、內部審計工作的開展等方面發揮了積極作用；公司董事會將日常經營管理權限授予經理層，對于投資等重大事項則由董事會或股東大會進行決策，充分發揮董事會在經營決策中的核心職能。
2009年6月，華潤三九啟動風險管理項目，對公司及下屬企業關鍵業務流程的風險管理（內控）體系進行全面梳理，對公司風險進行排查與防控。公司通過構建全面風險管理體系，進一步提高公司規范治理水平。
華潤三九引入6S戰略管理體系，不斷完善預算管理，制定了全面預算管理體系，以戰略為導向、業務戰略為基礎，對經營、資本支出、財務等預算進行全面管理，較好的控制了成本，提高了資金使用效率。
為了進一步提升企業的核心競爭力，華潤三九不斷聚集主業。
一是做減法。華潤三九戰略定位清晰后，進一步聚焦主業，自2008年起，先后剝離了房地產、食品、醫藥分銷、零售等非主營業務；
二是做加法。通過外延式并購不斷提高主業份額，先后收購了黃石、南昌、淮北等地的醫藥企業；2011年在集團推動下，整合了北藥集團的天然藥事業部。公司醫藥制造業務在營業收入構成的比例從2008年的57%提高到2011年的86%。2011年5月6日，華潤三九醫藥股份有限公司與中國中醫科學院在北京簽署了合作意向書，雙方就共建產業化生產基地和共同合作興建醫療機構達成合作意向：由華潤三九整合北京華神制藥有限公司和中國中醫科學院實驗藥廠，在北京新設公司，華潤三九擬出資1.5億元以上，持有新公司55%股權，華潤三九出資主要用于在大興工業園區興建產業化生產基地。
2011－2015年的戰略規劃提示：決心通過五年的努力，成為OTC市場的引領者、中藥處方藥市場的創新者，市場份額躋身中國制藥行業前列。
華潤三九的使命、愿景及核心價值觀：公司倡導“關愛、責任、卓越”的企業核心價值觀，關愛大眾健康，履行社會責任，追求卓越績效，專注藥品制造，打造信賴品牌，把華潤三九建設成股東價值和員工價值最大化的上市公司。
公司系根據中華人民共和國有關法律的規定，于1999年3月2日經原國家經濟貿易管理委員會國經貿企改[1999]134號文件批準，由深圳三九藥業有限公司、三九企業集團（深圳南方制藥廠)、深圳九先生物工程有限公司、深圳市先達明物業管理有限公司和惠州市壬星工貿有限公司作為發起人，以發起方式設立的股份有限公司。 本公司經中國證券監督管理委員會以證監發行字[1999]142號文批準,于1999年11月發行人民幣普通股20,000萬股，并于2000年3月9日在深圳證券交易所正式上市交易。 2009 年，公司中文名稱由“三九醫藥股份有限公司”變更為“華潤三九醫藥股份有限公司”；英文名稱由“Sanjiu Medical & Pharmaceutical Co., Ltd.”變更為“China Resources Sanjiu Medical & Pharmaceutical Co., Ltd.”。股票簡稱由“三九醫藥”變更為“華潤三九”。 2010 年2 月11 日，經深圳市市場監督管理局核準，公司名稱正式變更為“華潤三九醫藥股份有限公司”。 經公司申請，并經深圳證券交易所核準，自2010 年2 月24 日起，公司證券簡稱由“三九醫藥”變更為“華潤三九”；英文簡稱變更為“CR Sanjiu”。 公司上市時經營范圍為：藥品、保健品、醫療器械的開發、生產、銷售；相關技術開發、轉讓、服務；醫療、保健服務。
2001年，經公司2001年第一次臨時股東大會審議通過，公司經營范圍變更為：藥品的開發、生產、銷售；相關技術開發、轉讓、服務；生產所需的機械設備和原材料的進口業務；自產產品的出口（國家限定公司經營或禁止進出口的商品及技術除外）。
通俗點講，主要從事醫藥產品的研發、生產、銷售及相關健康服務。公司以OTC（非處方藥）、中藥處方藥、免煎中藥、抗生素及普藥為四大制藥業務模塊，輔以包裝印刷、醫療服務等相關業務。 三九醫藥股份有限公司系根據中華人民共和國有關法律的規定，于1999 年3 月2 日經原國家經濟貿易管理委員會國經貿企改[1999]134號文件批準，由深圳三九藥業有限公司(以下簡稱“三九藥業”)為主要發起人、三九企業集團(深圳南方制藥廠)(以下簡稱“三九集團”)、深圳九先生物工程有限公司、深圳市先達明物業管理有限公司和惠州市壬星工貿有限公司作為發起人，以發起方式設立的股份有限公司。
并于1999年4月21日在國家工商行政管理局注冊登記,領取企業法人營業執照。本公司成立時注冊資本為人民幣55,300 萬元。 本公司經中國證券監督管理委員會以證監發行字[1999]142 號文批準,于1999年11月發行人民幣普通股20,000 萬股,并于2000 年3 月9 日在深圳證券交易所正式上市交易,發行后本公司注冊資本為人民幣75,300 萬元。 本公司于2003 年6 月11 日實施2002 年度股東大會審議通過的用資本公積金每10股轉增3 股的方案,注冊資本增加了人民幣22,590 萬元。
截止2007 年12 月31 日,本公司總股本97,890萬股,但增資的工商登記變更手續尚未辦理完畢。 本公司設立了股東大會、董事會和監事會。 公司上市時，深圳三九藥業有限公司持有公司62.72%的股份，為公司控股股東。
2008 年4月16日、2008年6月16日國務院國有資產監督管理委員會、商務部分別批準將三九企業集團所持有的本公司84,462,520股國有法人股股份及深圳三九藥業有限公司所持有的本公司613,937,480股國有法人股股份的持股主體統一變更為新三九控股有限公司(現已更名為華潤醫藥控股有限公司)。
2008年11月27日，公司控股股東變更為華潤醫藥控股有限公司。 華潤三九醫藥工業園：位于深圳市寶安區觀瀾高新技術產業園區內，于2008年5月8日正式建成投產位，一期占地11萬平方米，建有顆粒劑、乳膏劑、丸劑等多個現代化生產車間和全自動化高架立體倉庫，集研發、生產及物流配送為一體，是國內大型的中藥產業基地。
華潤三九醫藥工業園的建成，全方位推進了上市公司中藥現代化改造、新產品開發、生產能力擴大、產品質量提升。二期工程已于2012年完工，公司的其他相關醫藥生產及配套設施全部遷入?，F辦公地點也由深圳市福田區遷至深圳市龍華新區。
面向未來，華潤三九確立了發展戰略，即以品牌OTC為核心業務，以中藥處方藥、免煎中藥為快速增長的重點業務，整合抗生素及普藥業務，進入第三終端。在發展大品種的基礎上，通過對外并購、購買、開發等途徑，不斷豐富產品種類，逐步實施品類規劃，擴大業務規模。以品牌運作和渠道掌控能力為核心優勢，加大研發投入和技術改造，提升產品功能和質量，形成以營銷帶動研發和生產的持續增長的價值創造體系。
為了確保戰略目標的實現，公司正在建立以業務模塊為分析和管理單元，營銷、生產、研發、資金管理和品牌管理高度集中的運營體系。