“隨著調水規模越來越大、距離越來越長，帶來了調水越來越困難、調出地水生態破壞越來越嚴重等諸多問題;同時，外調水工程量大、投資和運行成本高，調來水與當地水出現‘水土不服’的情況越來越多，一些地方出現了調來水與當地水成分差異導致自來水管道內的水垢溶解析出，形成了新的污染，且相當難以治理。所以，以長距離調水解決水資源短缺的模式在一定程度上已經陷入困境?！背鸨Ｅd還援引了前蘇聯時期阿姆河、錫爾河引水項目與咸海遭遇的例子，來說明不當調水引發的生態災難。近年來，關于南水北調工程的負面報導不斷出現。中國號稱南水北調是世界上最大的水利工程，工程橫穿長江、淮河、黃河、海河四大流域，涉及十余個省(自治區、直轄市)，輸水線路長，穿越河流多，工程涉及面廣，包含水庫、湖泊、運河、河道、大壩、泵站、隧洞、渡槽、暗涵、倒虹吸、pccp管道、渠道等水利工程項目，是一個十分復雜的巨型水利工程，其規模及難度國內外均無先例。
大陸環境污染嚴重，眾多癌癥高發區與當地化工廠等排放污水有關。該工程東線和中線均流經環境污染嚴重地區，尤其流經眾多癌癥高發地，未來進入北京等城市千家萬戶廚房餐桌的南水，將是污穢不堪甚或致癌毒水。南水北調或將成為世界上最大的“致癌工程”。
南水北調工程總投資額5千億元，總工期長達50年。官媒公布截至2013年4月，南水北調工程已累計完成投資超2千億元。2001年北京取得2008年奧運會的舉辦權。打著為北京奧運會提供清潔水的旗號，南水北調工程急急忙忙上馬。這個工程有三條調水路線，即東線、中線和西線方案。南水北調工程比三峽工程大2.5倍。隨著南水北調東線和中線工程自2002和2003年相繼開工，有關專家和環保部門不斷地發出警告，指工程會嚴重破壞流域生態環境，水質也會迅速惡化，發生嚴重水污染問題。早在2006年，淮河水資源保護科學研究所就提出，東線工程可能會使干線水質迅速惡化，發生嚴重水污染事件。為了把10億立方米/年的水(相當于永定河的流量)引入北京，引水渠道要橫穿中原700多條自然河流，打破這些河流的自然規律。其隱患比三峽更大、威脅的面積更廣，很有可能成為中原大地的災難根源。