經過你要處理的污水的培養得到的微生物，才是最適合你要處理的水質的微生物。
微生物主要分 細菌 原生動物 后生動物
細菌的主要作用就是消化吸收水中的有機物將水中的污染物消化吸收
原生動物主要以細菌為食 后生動物主要以原生動物和后生動物為食 所以原生動物和后生動物對水體凈化起著關鍵的作用
除土著微生物外，常有許多外源微生物隨著土壤的侵蝕和徑流、植物枯枝落葉和城市污水而進入湖泊，有些種類會迅速死亡而消失。
河流中微生物的數量和種類主要受其流經區域的影響，大量的微生物都是外來的，尤其在流經城市的區段中，許多腐生微生物和病原菌進人流水。在人海的河口處，由于海水鹽分的影響，淡水微生物逐漸被海洋微生物取代。
(二)海水生境 海洋平均深度為4km，最深達11km，它是全球水循環的最終貯存所。由于河水的不斷注入帶來大量可溶性礦物質，并使海水具有咸味。海水生境可以區分為一些垂直帶，影響海洋生物的分布。有充足光線射人韻區域稱為透光帶(euphoric zone)，水溫較高；其下為無光帶(aphotic zone)，一般25m以下就不會有光線透人。在遠洋區，0～200m深度為表面海洋帶；200～6000m為深海區(bathy pelagezone)，黑暗而寒冷，6 000m以下為超深淵海區(hadal zone)，寒冷而壓力大。海水溫度從表面至50m范圍內下降迅速，50m以下通常低于10℃。由于海水的濃度較高，其冰點為-1．8c。氧氣濃度從表面往下逐漸降低，約在1 000m處最低；但在1 000～4000m范圍內又逐漸升高，甚至可以接近海洋表面氧氣濃度。磷素濃度在1 000m處最高，直至4000m處均較穩定。
微生物在近海和河口水域中數量很高，深海區數量很少，可低至每毫升1～100個。光合細菌和微小藻類是遠洋生境中的初級生產者，異養細菌趨向于吸附在藻類表面或殘體顆粒上，以獲得較多的養分。
海水中的土著微生物具有自身的特點，它們在鹽分濃度2％-4％時才能生長。典型海洋微生物生長最適的鹽濃度為3．3％～3．5％，并且在缺乏氯化鈉時不生長。90％～95％的海域溫度低于5℃，所以多數海洋細菌必須能在低溫下生長。但是在海底火山和熱泉噴口附近溫度很高，生活著極端嗜熱細菌(見下文)。在海洋底部的溝壑中的細菌處于很大的靜水壓力下，因此，耐壓細菌是土著海洋微生物的重要成員。
海水中的微生物主要是藻類、G-需氧性或兼性厭氧性細菌。大多數細菌屬中都有能在海水中生活的代表，如假單胞菌屬和弧菌屬中的一些種，還有能發光的細菌。海水中也存在真菌和原生動物。
廢水處理，一般是工業廢水的處理，有生物轉盤法、生物膜法等。